吳集鎮機關設“六辦三中心一站所一大隊”，分別為：
（一）六辦：黨政綜合辦公室、經濟發展辦公室、社會事務辦公室、自然資源和生態環境辦公室、社會治安綜合治理和應急管理辦公室、基層黨建工作辦公室。
（二）三中心：社會事業綜合服務中心、農業綜合服務中心、政務服務中心。
（三）一站所：退役軍人服務站。
（四）一大隊：綜合行政執法大隊。